اولاً: عدم اكتمال السجل الأحفوري: أحد أبرز التحديات لنظرية التطور هو نقص السجل الأحفوري الذي يوضح التحول الكامل بين الأنواع المختلفة. العديد من النقاد يشيرون إلى أن الأحافير الوسيطة (التي توضح التحولات التدريجية بين الأنواع) قليلة أو غير موجودة. على الرغم من اكتشاف بعض الأحافير الوسيطة مثل الأركيوبتركس (الذي يمثل الانتقال بين الديناصورات والطيور)، إلا أن الكثير من النقاد يرون أن هذا ليس كافياً لدعم النظرية بشكل كامل. صحيح أن التحجر نادر، إلا أن الفجوات في السجل الأحفوري تظل نقطة