في الحالة العامة لا ينصح بتحزيم MongoDB ضمن برامج أخرى وتطبيقات سطح مكتب خاصةً، فالعديد من المبرمجين واجهوا مشاكل سابقاً أثناء استخدامها خصوصاً مع تطبيقات electron فيما يخص المنفذ المتاح عند المستخدم والخصائص المتعلّقة بنظام التشغيل وغيرها. ولكن يمكنك الاطلاع على NoSQLClient التي تشرح كيفية تنفيذ ذلك وهي مفتوحة المصدر وموجودة على Github باسم: nosqlclient-electron
كما ينصح باستخدام أنواع أخرى من قواعد البيانات مع هذا النوع من التطبيقات، فلديك مجال واسع من الخيارات (PouchDB، CouchDB، Redis,...) وفي حال أردت الحفاظ على بنية schema يمكنك أيضاً استخدام قاعدة البيانات المفهرسة IndexedDB فاستخدامها سهل وقريب من استخدام MongoDB.
إحدى الحلول أيضاً لتسهيل الأمر بجعل قاعدة البيانات mongoDB على خادم ويب والتخاطب معها بشكل مباشر من قبل التطبيق.