اطلق شاب مجهول النار على ناجي العلي على ما أسفرت عنه التحقيقات البريطانية ويدعى بشار سمارة وهو على ما يبدو الاسم الحركي لبشار الذي كان منتسبا إلى منظمة التحرير الفلسطينية ولكن كان موظفا لدى جهاز الموساد الإسرائيلي وتمت العملية في لندن بتاريخ 22 يوليو عام 1987م فاصابه تحت عينه اليمنى، ومكث في غيبوبة حتى وفاته في 29 اغسطس 1987.
ناجي العلي اسم مقترن بالمأساة الفلسطينية في حياته وبالحسرة عقب وفاته فالشهيد التقط الحزن من عيون أهله وأصحابه منذ أن بدا الوعي عنده يتشكل ويتعمق والدمامل في النفس تتكون وتتضخم والحنين للوطن يكبر في مخيم عين الحلوة عند إقامته به وهو لاجئ حينها بدأت روح الفنان تتحرك في أعماقه. وشعر بحاجة كبيرة إلى إطلاق ما تجمع في روحه من أحزان وقهر بتعابير غاضبة رسمها على جدران المخيم قبل أن يكتشفها غسان كنفاني.
ناجي العلي الاستثناء الذي فقدته حركة الرسم الساخر الهادف يعد رائد ملحمة فنيّة نادرة تتخذ الكاريكاتير سبيلاً إلى مساءلة السائد وكشف تورّماته وحدّة كدماته.
الفنّ هو البندقيّة والحبرُ رصاصها وعليه راح يخوض حربَه شاهدا وشهيدا ووجّه رصاصات وريثه الرمزيّ "حنظله" بيد صارمة رغم كونها تبدو مكبلة إلى كلّ الأنظمة العربية وإلى المساومين بحُرمة الأرض وقداسة التاريخ فحارب هؤلاء جميعا دون خوف من تهديدهم أو نكوص أمام وعيدهم ودفع الثمن.