لافرق كبير بينهم فجميعهم انظمة جيدة وقوية لادارة البيانات، الفرق الابرز بينهم هي ان MySQL مجانية ومفتوحة المصدر ومنتشرة بشكل كبير بينما SQL Server ليست مجانية فهي ملك لشركة Microsoft وتطلب ترخيص لاستخدمها لذلك تكون تكلفة استضافتها اعلي وعادة ماتستعمل مع برمجيات وادوات تطوير من Microsoft مثل ASP.NET.