هل توجد طريقة أفضل لتفادي هذه المشكلة, وما هو السبب وراء هذه المشكلة ؟

لأنه لا يوجد synchronization بين System.out وبين System.err. إذا كنتَ تريد حلاً، فلا يوجد حل إلا أن توحِّد الـ System.out و الـ System.err في stream واحد:

System.setErr(System.out);

أو

System.setOut(System.err);